Na trama, o prefeito Quincy Sharp, antigo diretor do Asilo Arkham, murou bairros inteiros de Gotham, criando Arkham City, uma cidade que funciona como uma super-prisão. A única regra existente é que seus habitantes não podem sair de lá. Os próprios vilões administram a cidade, com Hugo Strange como diretor. O Batman , claro, não gosta nada disso - e passa a patrulhar o lugar.
Hugo Strange foi criado nos quadrinhos na revista Detective Comics 36, por Bob Kane e Bill Finger em 1940. Dotado de QI que rivaliza com o do próprio Batman, ele é um brilhante psiquiatra, ex-funcionário do Asilo Arkham, que se torna obcecado com o herói. Nas HQs sua loucura acaba rendendo-lhe uma camisa de força na própria instituição em que trabalhava, mas não antes de, usando a lógica, ele descobrir que Bruce Wayne é o Morcego.
O título traz novos equipamentos, como bomba de fumaça e detector de sinais de transmissão e mais vilões, entre eles a Mulher Gato e o Duas Caras. Outra novidade diz respeito ao vilão Charada, que colocará pessoas em armadilhas, que deverão ser desativadas pelo Cavaleiro das Trevas. Além disso, cada pista poderá levar o herói a outras pistas ainda mais elaboradas, que podem ou não estar cercadas por suas próprias armadilhas. As missões que envolvem o Charada não fazem parte da narrativa principal, mas funcionarão quase como um jogo paralelo.
